For å sikre vanndybde og tilstrekkelige forhold for båttrafikken i indre havneområde etter tildekkingen, startet prosjektet opp med å fjerne sjøbunn. Dermed ble cirka 50 000 m3 forurenset sjøbunn gravd opp og lagret i et deponi som ble etablert på sjøbunnen utenfor Framnes. Der var det et allerede stort område som består av samme sjøbunn med lik forurensningsprofil. Vanndybden i området der massene ble lagret er på 18 meter. I sørenden av deponiet ble det etablert en støttevoll av stein der massene ble plassert bak.
Etterpå ble sjøbunnen på et område så stort som 1 000 000 m2 tildekket med rene stenmasser i ulik tykkelse for å skape grunnlag for ny og ren sjøbunn. I en periode ble det gjennomført både oppgraving av sjøbunn og tildekking på samme tid, avstanden mellom aktivitetene var så stor at det ikke var fare for reforurensning.
Miljømudring
Sjøbunn som graves opp i et område kalles også mudring. Det som graves opp i fjorden ble fraktet med båt ut til det nye undervannsdeponiet på Framnes. For å unngå spredning av forurenset muddermasser som inneholder PAH, PCB og TBT ble det benyttet en lukket grabb på gravemaskinen slik at muddermasser ikke lekket ut når de ble løftet opp. Den forurensede massen ble bragt opp av vannet og over på en egnet transportlekter. Lekterne ble lukket for å unngå lekkasjer og fraktet ut til deponiet med slepebåt. Ved deponiet var det en kranlekter som med lukket grabb senket muddermassene ned i deponiet.
Arbeidet startet innerst i havneområdet ved Fjellvik og Hjertes/Ulabrand, deretter ble de øvrige områdene mudret (blant annet Gjestehavna og Fiskerikaia). I tillegg ble Hesteskoen mudret.
Mudringsarbeidene ble avsluttet i september 2017.
Flytting av brygger er en meget kritisk fase for gjennomføringen og ferdigstilling av prosjektet. Flere brygger må flyttes samtidig og det vil være flere arbeidslag som jobber samtidig med dette.
Tildekking
1 000 000 m2 sjøbunn på Sandefjordsfjorden ble dekket til med grus fra nedknust fjell hentet hovedsaklig fra Hedrum. Tildekkingen ble gjort i to ulike lag. Det første laget heter et filterlag og består av grus i liten størrelse 0-8 millimeter og som legges i cirka 10 centimeters høyde. Det andre laget er et erosjonslag på minst 5 centimeter og består av større grus i størrelsen 0-32 millimeter og større. Påleggingen av lagene ble gjennomført i flere ganger for å sikre at del-lagene legges skikkelig oppå hverandre for å oppnå ønskes effekt.
Etter at filterlaget ble godkjent ble det lagt erosjonslag over.
Det ble benyttet fem typer utleggingsfartøyer for tildekkingen.
Grusen ble fraktet til fjorden med båt og omlastning skjedde direkte fra fraktebåt og over til utleggingsfartøyene. Dermed blir det ingen omlasting via et landbasert mellomlager og man oppnår mindre støy og støvplager. Det var en klar miljøgevinst å benytte båt fremfor tunge kjøretøyer på veiene til prosjektområdet.